La CONAIE se crea en 1986 y es producto de un largo proceso que tuvo tres momentos históricos. El primero con la creación en 1946 de la Federación de Indios del Ecuador, impulsada por el Partido Comunista. Su orientación fue la de la creación de organizaciones sindicales en el campo, que si bien se planteaban las luchas por los derechos de nuestras comunidades, no incorporaban de manera integral la lucha por el respeto a nuestra identidad, la defensa de nuestra cultura como Nacionalidades y Pueblos. Un segundo momento se da alrededor de los años 70, con la creación de ECUARUNARI, en junio de 1973 en la comunidad de Tepeac Chimborazo y la influencia de la líder Cayambe, nuestra compañera Dolores Cacuango (también socialista), donde se crearon un mayor numero de federaciones, y se empezaron a fortalecer la articulación regional, tanto en la sierra como en la amazonia con la creación afines de los 70s de la CONFENIAE. La crisis de sistema de haciendas, la influencia de la corriente progresista de la iglesia católica con Monseñor Proaño, y la maduración de una generación de lideres, permitió en 1986 la creación de la CONAIE.

Entramos así en la década del 80 a un tercer momento de este proceso que va cambiar la historia del movimiento indígena y del país. Se forma el Consejo de Coordinación de las Nacionalidades Indígenas del Ecuador CONACNIE, y en 1986 se realiza el congreso de creación de la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador, CONAIE. Este es un momento histórico porque se forma una organización nacional de las nacionalidades y pueblos indígenas que levanta un proyecto político nacional (no solo indígena), y donde les proponemos al resto del país, la creación de un estado Plurinacional y Democrático para todos los ecuatorianos. Una de las herramientas mas importantes que hemos desarrollado son los levantamientos como el 1990 que logro legitimar a la CONAIE como la principal fuerza social del país, y encabezar las demandas de los sectores populares de Ecuador. La CONAIE a partir de entonces le hizo frente a las políticas neoliberales de los gobiernos y del estado, lo que le gano el reconocimiento y respaldo de la mayoría del país. Hasta entonces habíamos sido casi ignorados por la política oficial, por los gobiernos, por los medios de comunicación.

Los levantamientos tuvieron varias características y consecuencias. La primera es que mostró la fuerza del movimiento indígena, que permitió enfrentar las políticas neoliberales del estado, obligando a los gobiernos a retroceder en una serie de medidas económicas y políticas, y destituir a los gobiernos corruptos de Bucaran y Mahuad. Se logro una legitimidad que se mantiene a pesar de la difícil etapa que pasamos durante el régimen de Lucio Gutiérrez. Lo segundo es que permitió consolidar la organización en todo el país, y formando una generación de lideres, dirigentes y técnicos comprometidos con el movimiento indígena y entrenados en la lucha frontal contra el estado. Un tercer elemento, fue que contribuyo de una manera central a reforzar la autoestima y nuestra identidad como indígenas.