El Consejo de Gobierno de la CONAIE está integrado por diez dirigentes elegidos democráticamente en el magno III Congreso de la CONAIE 9, 10, 11 y 12 realizado en Enero del 2008, en la ciudad de Santo Domingo, provincia de Santo Domingo de los Tsa'chilas. Los dirigentes que deben cumplir los perfiles necesarios para conducir a la Confederación, es ser representante de pueblos o nacionalidad indígena, con conocimiento amplio de formación política socio-organizativa, convivir con la organización comunitaria y no haber sido violentado los principios del movimiento indígena a todo nivel. La CONAIE es una Confederación legal, mediante el Acuerdo Ministerial MBS 01734- 24 de Agosto de 1989; y defender, garantizar la integridad de pueblos y nacionalidades indìgenas y representar a la Gran Confederación a nivel nacional e internacional.